Organi zbornice so: 

• skupščina,
• izvršni odbor,
• predsednik in
• nadzorni odbor.

Najvišji organ lekarniške zbornice je skupščina, ki jo sestavljajo predstavniki obveznih članov oziroma obvezni člani. Obvezni član ima na skupščini toliko predstavnikov, kolikor lekarn in lekarniških podružnic ima v svoji sestavi.

Izvršilni organ zbornice je izvršni odbor, ki vodi delo zbornice v skladu s statutom in drugimi akti zbornice.

Zbornica ima stalne občasne komisije kot svoja delovna telesa. Stalne komisije zbornice so: komisija za farmacevtska vprašanja, komisija za izobraževanje in komisija za ekonomska vprašanja. V skladu s statutom imenuje izvršni odbor zbornice tudi člane komisije za izvajanje strokovnega nadzora s svetovanjem in komisije za opravljanje preskusa strokovne usposobljenosti. Poleg teh so po sklepu izvršnega odbora v letu 2020 v zbornici delovale še naslednje komisije in delovne skupine:

• komisija za bolnišnična farmacevtska vprašanja,
• komisija za informatiko,
• komisija za Kodeks lekarniške deontologije,
• komisija za postavitev kompetenčnega modela,
• komisija skrbnik kompetenc in razvoj novih storitev v lekarniški dejavnosti,
• komisija za ureditev preskrbe z medicinskimi pripomočki,
• komisija za pravna vprašanja,
• delovna skupina za pripravo Dobre lekarniške prakse,
• delovna skupina za Dobro proizvodno prakso za galenska zdravila,
• delovna skupina za pripravo Kodeksa magistralnih zdravil,
• delovna skupina za pripravo Kodeksa galenskih zdravil,
• delovna skupina za pripravo Pravilnika o strokovnem nadzoru s svetovanjem,
• delovna skupina za pripravo predlogov sprememb in dopolnitev ZLD-1,
• delovna skupina za pripravo sprememb in dopolnitev ZLD-1 v skladu z odločbo Ustavnega sodišča RS, št. U-I-166/17-15 z dne 5.11.2020,
• delovna skupina za spremembe in dopolnitve Statuta LZS
• delovna skupina za spremembe in dopolnitve Pravilnika o pogojih za izvajanje lekarniške dejavnosti,
• delovna skupina za spremembo Pravilnika o storitvah bolnišnične lekarniške dejavnosti,
• delovna skupina za izdelavo kazalnikov kakovosti v javni lekarniški dejavnosti,
• delovna skupina za pogajanja – standardi in normativi v lekarniški dejavnosti,
• skupina za pogajanja na temo Standardov in normativov pri sindikatu Sifarm,
• delovna skupina za izvedbo skupne oddaje javnega naročila zdravil in drugega blaga za nadaljnjo prodajo v javnih lekarniških zavodih,
• delovna skupina za prenovo načina vrednotenja lekarniških storitev,
• delovna skupina za pripravo navodil za mentorje za vrsto specializacij iz klinične farmacije,
• delovna skupina za prenovo programa specializacije iz oblikovanja zdravil in programa specializacije iz preizkušanja zdravil,
• delovna skupina za vzpostavitev sistema brezšivne skrbi.